المؤتمر العام هو ملتقى الإرادة الطلابية، والمجلس الأعلى الذي تتجسد فيه ديمقراطية الاتحاد ومشاركته الواسعة. فهو عبارة عن جمعية عمومية كبيرة تضم في عضويتها ممثلي قاعدة الطلاب من مختلف الولايات والفروع والجامعات.
يعتبر المؤتمر العام مصدر الشرعية والصلاحيات داخل الاتحاد، حيث ينعقد دوريًا ليناقش السياسات العامة، ويقيم الأداء، ويضع التوجهات الاستراتيجية للفترة المقبلة. في هذا المحفل الديمقراطي، يتحاور الجميع بحرية ومسؤولية من أجل وضع مصلحة الطلاب والوطن فوق كل اعتبار.
نؤمن بأن قوة الاتحاد تنبع من قوة مؤتمره العام، الذي يمثل الضمير الجمعي للطلاب السودانيين وضامن استمرارية مسيرتهم النضالية والعلمية.